Borisovo vestuvių dieną iki sosto boarai apskaičiuoja jo karaliavimo vaisius: užgniaužtą marą, baigtus karus ir derlių. Jie stebisi, kiek laiko Godunovas turėjo įtikinti jį paimti valdžią, ir tik ekskomunikacijos grėsmė jį privertė tai padaryti. Borisas grįžta iš katedros, ketindamas priimti ambasadorius. Voeikovas skelbia pergalę prieš Sibiro khaną. Anglijos ambasadorius siūlo nuotaką pas Tsarevichą Fedorą; popiežiaus nuncijus - susitarimas dėl bažnyčių suvienijimo; Austrijos, Lietuvos, Švedijos, Florencijos ambasadoriai pagarbiai prašo pagalbos dėl pinigų ar karių, kurie pripažintų jų nuosavybę. Persijos ir Turkijos ambasadoriai kaltina vieni kitus užpuolus Iberijai, Iberijos karaliaus ambasadorius prašo apsaugos. Caras kiekvienam suteikia tinkamą orumo ir stiprybės atsakymą ir liepia kiekvienam įleisti į karališkuosius rūmus („Tarp Rusijos žmonių ir caro nėra barjerų!“). Palikęs vieną, Borisas triumfuoja ir, prisimindamas kunigaikščio mirtį, nusprendžia: tada neišvengiama kaina už valstybės didybę. Netrukus, laukdamas, kol vienuolyno kameroje Irina nusikirps plaukus, Borisas klausosi Semjono Godunovo pranešimų Romanovams, kurie nepatenkinti atšaukta Šv. Jurgio diena; prieš klastingą ir nepatikimą tarną Vasilijų Šuiskį, tačiau pasitikintis savo jėgomis, nenori niekam bausti. Pasirodo Irina, o Borisas, priminęs apie savo atleidimus pakeliui į valdžią, prašo jį išteisinti ir pripažinti, kad Rusijos gerovė verta tos tiesos, per kurią jis tapo karaliumi. Irina, tvirtindama savo karalystę, reikalauja nepamiršti apie savo kaltę ir neatleisti sau. Palikę kiekvieną su savo, jie dalijasi.
Rūmuose Boriso, Fiodoro ir Ksenijos vaikai klausosi krikščionių, Danijos kunigaikščio, Ksenijos sužadėtinės pasakojimų - apie atšiaurią vaikystę, apie grįžimą į teismą, apie kautynes Flandrijoje su Ispanijos kariuomene, bet kai Fiodoras skundžiasi dėl savo tuštybės, krikščionys pastebi, kad jo pozicija, leidžianti jam mokytis valdyti vadovaujantis išmintingu suverenu, yra daug vertesnė. Krikščionis pasakoja, kaip jis mylėjo Kseniją pagal ambasadorių, pirklių ir kalinių pasakojimus, kurie kartu su Rusijos didybe šlovino princesės grožį, intelektą ir nuolankumą. Jie pradeda kalbėti apie Borisą ir visi sutinka meilę carui, kuris pamiršta save už valstybės šlovę ir gerovę. Visi trys prisiekia padėti vienas kitam. Krikščionis prašo Boriso, kuris atvyko karo atveju, leisti vadovauti Rusijos kariuomenei, tačiau carą atgraso nuo daugelį metų vykstančios taikos. Vaikai išvyksta, o atėjęs Semjonas Godunovas praneša gandą apie nuostabiai išgelbėtą princą Dimitrį. Savo rūmuose carinė Marija Grigorjevna klausia tarnautojo Vlasjevo apie krikščionybę ir, nesvarbu, kokia Džuljeta Vlasjeva yra, sužinojo, kad egzistavo jausmas, kad karalius nebuvo jo tėvas, o vyresnysis brolis, dabar karaliaujantis, jam nepatinka. Nepateikusi kanceliarijos pažado liudyti Borisą, ji paskambina Dementjevnai ir vis labiau susierzinusi sužino, kad Ksenija sėdėjo su broliu ir jaunikiu, o caras džiaugiasi naujais papročiais. Pas Volokhovą atvažiavusi caraina skundžiasi, kad Borisas patraukė Kseniją už vokiečius jos neklausdamas, o vokiečiai, matyt, įjungė princesę. Volokhovas įsipareigoja paversti, kas yra krikščionio stiprybė, ir ją sutraiškyti („Yra tokia šaknis“). Miške, plėšikų stovykloje Atamanas Khlopko priima naują valstiečių papildymą, prakeikdamas Borisą ir panaikindamas Šv. Jurgio dieną. Pasirodo Posadskis, kuris be jokios baimės reikalauja išlaisvinti savo kompanionus, pagrobtus Maskvos kelyje plėšikės sargybinio, ir praneša tikrąsias naujienas apie Tsarevičiaus Dimitrio pasirodymą. Posadsky sumušė Khlopą eiti į Brianską ir ten, išniekinęs Tsarevičiaus kariuomenę, atleis ir kovos su Godunovu. Pasirodo Mitka, tempiantis du bėgančius vienuolius Michailą Povadiną ir Grishką Otrepyevą, kurie prašo prisijungti prie medvilnės armijos. Kai Posadsky, nudžiuginęs plėšikus, kovodamas su Mitka ir liepęs išpilti statines vyno, staiga dingsta, paaiškėja, kad su juo vaikščioję vienuoliai nežino, kas jis toks.
Borisas yra priverstas pripažinti, kad naujo priešo atsiradimas pastūmėjo jį kruvinu keliu. Semjonas Godunovas, kuriam pavesta išsiaiškinti, kas slepiasi už Demetrijaus vardo, sako, kad nieko nežinojo už kankinimus. Jie siekia išsisukusių stebuklų vienuolio Griškaus Otrepjevo vardo, kaip nors pavadinti priešą. Borisas įsako padauginti šnipus ir surasti įrodymus apie Romanovą ir, be to, dėl tebevykstančio bado, paskirstyti žmonėms iždą, liepdamas neklausyti pasakų apie kunigaikštį. Tsarevičius Fiodoras prašo nusiųsti jį į kariuomenę, Tsarevna Ksenia apgailestauja dėl Boriso pasikeitimo ir jo žiaurumo; Krikščionis klausia, ar Borisas yra tikras dėl Tsarevičiaus mirties, ir perpasakoja gandus. Vaikai atostogauja, pasirodo karalienė, kupini rūpestingumo ir susierzinimo krikščionyje, aiškindama su vaikais apie „karalių“. Karalius lieka kurčias dėl jos reikalavimo išsiųsti krikščionį. Semjonas Godunovas praneša apie greitą išdavikų pažangą, apie kariuomenės perdavimą jiems ir apie užsispyrusį Basmanovo pasipriešinimą. Vasilijus Šuiskis kviečia Borisą pačiam eiti į kariuomenę arba pasiųsti į namus karalienę liudyti apie sūnaus mirtį. Įsakydamas Šuiskiui išplėšti kalbas tiems, kurie skleidžia gandus, Borisas siunčia Dimitrį už savo motiną. Fiodoro Nikiticho Romanovo namuose kunigaikščiui geria bojarai Romanovai, Sitsky, Repnin ir Cherkassky. Atvyksta Shuisky, praneša apie Boriso įsakymą, yra apklaustas apie jo paiešką Ugliche, jis atsako miglotai. Semjonas Godunovas su lankininkais, apkaltinęs auditoriją noru nuodyti suvereną nuodais, visus paima į areštinę, išleisdamas į tardymą Vasilijui Šuiskiui. Borisas, vien apmąstydamas išsipildžiusią prognozę („Jis buvo nužudytas, bet gyvas“), pasakojo Shuisky, kuris atėjo iš priešakinės pusės paskelbdamas, kad pats matė caro lavoną Ugliche. Tuo tarpu patarėjai stumia Kristianą aiškindami, kad jis turėtų atsisakyti mylėtis su Ksenija, kad Borisas pasiaukojo iš baimės, kad Ksenija yra piktadario dukra ir tarnas. Kristianas, pajutęs artėjantį apsvaigimą, tikėdamas Boriso kaltė, nežino, ką nuspręsti. Ksenija ateina, ir jis, sumišęs žodžiuose ir mintyse, kalba apie neišvengiamą išsiskyrimą ir tada ragina ją bėgti nuo jo nuo žudiko tėvo. Tyliai įėjęs Fiodoras atsistoja už savo tėvo, jie ketina muštis, Ksenija, verkdama, primena vienas kitam duotą priesaiką. Kristianas siautėja ir, laikydamas jį sergančiu, Ksenia ir Fiodoras jį veda.
Raudonojoje aikštėje detektyvai klauso žmonių, einančių iš Tsarevič Dimitri reikmenų, pokalbių (ten buvo paskelbta Griškės teta). Provokuodami, aiškindami kalbą jiems tinkamu būdu, detektyvai griebia beveik visus iš eilės. Vasilijus Shuisky iš mirties bausmės vykdymo vietos taria dviprasmišką kalbą apie priešą. Jis pasakoja apie kratas Ugliche, kad liktų neaišku, kas buvo nužudytas kūdikis. Maždaug tuo metu princo motina, atsinešta iš vienuolyno, dabar vienuolė Martha, laukdama Boriso ir norėdama keršto, nusprendžia pripažinti apgaviką sūnumi; ji sako, kad nematė savo mirusio sūnaus, praradusi jausmus, o atminimo iškilmėse ašaros uždengė akis. Dabar, išgirdęs apie pasirodžiusius Tsarevičiaus ženklus, jis prisipažįsta stebuklingai išgelbėtas ir gyvas. Carinė Marija Grigorjevna, norėdama nuteisti už apgaulę, supažindina su Volokovu. Sielvartas, apėmęs Martą sūnaus žudiko akivaizdoje, ją išduoda, tačiau ji atsisako pripažinti Demetrijaus mirtį viešai. Netrukus gydytojas praneša Borisui apie pablogėjusią krikščionio sveikatą ir apie jo bejėgiškumą. Semjonas Godunovas atneša Dimitry'io Ioannovičiaus laišką, kuriame Borisą labiausiai slegia pažadėtas gailestingumas, jei savanoriškai atsisakoma sosto, todėl vagis pasitiki visuotine parama. Borisas reikalauja atsivežti trumpaplaukį Kleshniną, kad būtų tikras dėl princo mirties. Jo vardas yra krikščionis, ir jis netrukus praneša Ksenijai ir Fiodui apie savo mirtį.
Du senjorai, nešantys naktinį sargybinį sosto kameroje, slepiasi baimėje, kai pasirodo nemiegas Borisas. Kažkas įsivaizduoja kieno atvaizdą soste ir, suradęs sargybinius, siunčia juos patikrinti, kas ten sėdi. Semjonas Godunovas atneša Kleshniną, kuris patvirtina Demetrijaus mirtį, ir primena, kad Borisovo valdymo laikotarpis, kurį numatė magai, artėja į pabaigą, kviečia jį atgailauti ir išvykti į vienuolyną. Ryte, gavęs informaciją iš atvykusio Basmanovo apie dalinę pergalę prieš „vagį“, Borisas pasakoja Fiodorui apie būtinybę susituokti soste ir apie priesaiką, kuriai bus duoti berniai. Fiodoras atsisako sosto, nes nėra tikras, kad „vagis“ nėra Demetrijus. Borisas prasmingai siūlo Fedorui pateikti neginčijamus Tsarevičiaus mirties įrodymus, o jis, supratęs tėvo nusikaltimą, siaubingai atsisako įrodymų ir pareiškia, kad priims karūną. Valgykloje, laukdami Basmanovo ir caro, berniukai keikia abu ir keičiasi „princo“ žiniomis. Įeina Basmanovas, skųsdamasis dėl netinkamo ekskomunikacijos. Borisas pasirodo su vaikais. Borisas apdovanoja Basmanovą. Bojarai, pastebėję Ksenijos liūdesį, gailisi jos ir galvoja, ką su ja daryti, „kai jis ateis į karalystę“. Borisas reikalauja ištikimybės Fedorui priesaikos ir šios priesaikos patvirtinimo katedroje, praranda jėgą ir krenta. Bendrai sumišęs, jis deklaruoja, kad jo mirties priežastis nėra nuodai, o liūdesys, palikimas bojarams duoti priesaiką, ir primena, kad „iš blogio gims tik blogis“, ir, paskelbdamas Fedoru karaliumi, išvyksta.
