Kūrinyje - dvi siužetinės linijos, kurių kiekviena vystosi savarankiškai. Pirmasis veiksmas vyksta Maskvoje keliomis gegužės dienomis (pavasario pilnaties dienomis) 30-ąjį dešimtmetį. XX a., Antrasis veiksmas taip pat vyksta gegužę, tačiau Yershalaimo mieste (Jeruzalėje) beveik prieš du tūkstančius metų - pačioje naujos eros pradžioje. Romanas pastatytas taip, kad pagrindinės siužeto dalys susikerta su skyriais, sudarančiais antrą siužetą, o šie įterpimo skyriai yra arba kapitono romano skyriai, arba Wolando įvykių liudininko pasakojimas.
Vieną šilčiausių gegužės dienų Maskvoje pasirodo kažkas Wolandas, pozuojantis kaip juodosios magijos specialistas, tačiau iš tikrųjų jis yra šėtonas. Jį lydi keista retrospektyva: graži raganų vampyrė Gella, niūrus Korovievo tipas, dar žinomas kaip fagonas, niūrus ir grėsmingas Azazello bei juokingas riebus riebus Behemotas, kuris didžiąja dalimi pasirodo skaitytojo akivaizdoje neįtikėtino dydžio juodos katės pavyzdžiu.
Pirmieji, sutikusius Wolandą prie Patriarcho tvenkinių, yra storojo meno žurnalo Michailo Aleksandrovičiaus Berliozo redaktorius ir poetas Ivanas Bezdomny, parašęs antireliginę poemą apie Jėzų Kristų. Wolandas įsiterpia į jų pokalbį tvirtindamas, kad Kristus iš tikrųjų egzistuoja. Kaip įrodymą, kad yra kažkas, kas priklauso nuo žmogaus, Wolandas prognozuoja, kad Rusijos komjaunimo mergaitė nukirs Berliozo galvą. Sukrėstų Ivano akimis Berliozas iškart patenka į tramvajų, kurį kontroliuoja komjaunimo mergaitė, ir jam nukirsta galva. Ivanas nesėkmingai bando persekioti Wolandą, o tada, pasirodęs Massolit'e (Maskvos literatūros asociacija), taip sumišęs nustato įvykių seką, kad yra nuvežtas į profesoriaus Stravinsky priemiesčio psichiatrijos kliniką, kur susitinka su pagrindiniu romano veikėju - meistru.
Wolandas, atvykęs į 302 bis namo Sadovaya gatvėje 50 butą, kurį velionis Berliozas užėmė kartu su teatro „Variete“ direktoriumi Stepanu Likhodejevu, ir suradęs pastarąjį sunkių pagirių būsenoje, pristato jo, Likhodejevo, pasirašytą sutartį dėl Wolando pasirodymo teatre, ir tada nuveda jį iš buto, o Styopa nepaaiškinamai baigiasi Jalta.
Būsto bendrijos pirmininkas Nikanoras Ivanovičius Bosojus, nr. 302 bis, atvyksta į butą Nr. 50 ir randa Korovievą, kuris prašo išnuomoti šį butą Wolandai, nes Berliozas mirė, o Likhodejevas buvo Jaltoje. Po daug įtikinėjimų, Nikanoras Ivanovičius sutinka ir gauna iš Korovievo, be sutartyje nustatyto mokesčio, 400 rublių, kuriuos jis slepia vėdindamas. Tą pačią dieną jie atvyko pas Nikanorą Ivanovichą su arešto orderiu valiutai laikyti, nes šie rubliai virto doleriais. Stulbinantis Nikanoras Ivanovičius patenka į tą pačią profesoriaus Stravinskio kliniką.
Šiuo metu finansų direktorė Variete Rimsky ir administratorė Varenukha nesėkmingai bando surasti dingusį Likhodejevą telefonu ir yra suglumę, gaudami iš jo Jaltos telegramas, kuriose prašoma atsiųsti pinigų ir patvirtinti savo tapatybę, nes Jalta jį apleido hipnotizuotojas Wolandas. Nusprendęs, kad tai kvailas Likhodejevo pokštas, Rimskis, surinkęs telegramas, siunčia „Varenukha“ pasiimti jų „ten, kur reikia“, tačiau Varenukha to nepadaro: Azazello ir katė Behemotas, sugriebę jį už rankų, pristato Varenukha į butą Nr. 50 ir pabučiuoja. nuoga ragana Gella Varenukha neturi jausmų.
Vakare Variečio teatro scenoje prasideda spektaklis, kuriame dalyvauja didysis magas magas Wolandas ir jo retinatas. Fagonas su šautuvu į teatrą sukelia piniginį lietų, o visa salė sugauna krintančius aukso gabalus. Tada scenoje atidaroma „moteriškų prekių parduotuvė“, kurioje bet kuri moteris iš sėdinčiųjų salėje gali nemokamai rengtis nuo galvos iki kojų. Ten pat eilė išrikiuota, tačiau spektaklio pabaigoje vyšnios virsta popieriaus gabalėliais, o viskas, kas įsigyta „moteriškų prekių parduotuvėje“, dingsta be pėdsakų, verčiant klampias moteris skubėti gatvėmis tais pačiais apatiniais.
Po spektaklio Rimskis pasilieka savo kabinete ir jam paverčiamas Gelos bučinys į vampyrą Varenukha. Pamatęs, kad nemeta šešėlio, Romas mirtinai išsigąsta ir bando bėgti, tačiau į pagalbą Varenukha ateina vampyras Gella. Kadaveriškose vietose uždengta ranka ji bando atidaryti lango varžtą, o Varenukha saugo prie durų. Tuo tarpu ateina rytas, pasigirsta pirmasis gaidžio šauksmas ir vampyrai dingsta. Neprarasdamas nė minutės, Rimskis taksi akimirksniu pasidarė pilkas, skubėdamas į stotį ir greituoju traukiniu išvažiavęs į Leningradą.
Tuo tarpu Ivanas Bezdomny, susitikęs su Mokytoju, pasakoja jam apie tai, kaip jis susitiko su keistu užsieniečiu, kuris nužudė Misha Berlioz. Meistras paaiškina Ivanui, kad susitiko patriarchuose su šėtonu, ir pasakoja Ivanui apie save. Jo mylimoji buvo vadinama jo mylima Margarita. Būdamas istoriku mokydamasis, jis dirbo viename iš muziejų, kai netikėtai laimėjo didžiulę sumą - šimtą tūkstančių rublių. Jis paliko savo darbą muziejuje, išnuomojo du kambarius nedidelio namo rūsyje vienoje iš Arbato juostų ir pradėjo rašyti romaną apie Poncijus Pilotas. Romanas buvo beveik baigtas, kai jis atsitiktinai sutiko Margaritą gatvėje, ir meilė abu akimirksniu užklupo. Margarita buvo vedusi vertą vyrą, gyveno su juo daugiabutyje Arbato mieste, tačiau jo nemylėjo. Kiekvieną dieną ji ateidavo pas meistrą. Reikalas baigėsi ir jie liko laimingi. Galiausiai romanas buvo baigtas, o meistras jį nuvežė į žurnalą, tačiau jie atsisakė ten spausdinti. Tačiau romano ištrauka buvo išspausdinta ir netrukus laikraščiuose pasirodė keli niokojantys straipsniai apie romaną, pasirašyti kritikų Arimano, Latunskio ir Lavrovičiaus. Ir tada meistras pajuto, kad susirgo. Vieną naktį jis įmetė romaną į krosnį, tačiau pabėgusi, sunerimusi, Margarita sugriebė iš ugnies paskutinę lakštų krūvą. Ji išėjo, pasiėmusi rankraštį, norėdama atsisveikinti su vyru ir amžinai ryte sugrįžti pas meilužį, tačiau praėjus ketvirčiui valandos po to, kai ji išėjo, jie beldžiasi į langą - pasakoja Ivanui savo istoriją, šioje vietoje Meistras nuleidžia jos balsą šnabždesiu - ir dabar po kelių mėnesių, žiemos naktį, kai jis atėjo į namus, rado savo kambarius užimtus ir nuvyko į naują priemiesčio kliniką, kurioje gyvena jau ketvirtą mėnesį, be vardo ir pavardės, tik pacientas iš 118 kambario.
Šį rytą Margarita atsibunda jausdama, kad kažkas vyksta. Nušluostydama ašaras, ji apverčia apgraužto rankraščio lapus, peržiūri šeimininko nuotrauką ir eina pasivaikščioti po Aleksandro sodą. Čia Azazello atsisėda prie jos ir praneša, kad ją aplankyti kviečia koks nors kilnus užsienietis. Margarita priima kvietimą, nes tikisi bent kažko išmokti apie Mokytoją. Tos pačios dienos vakare Margarita, nusirengusi nuoga, įtrina kūną kremu, kurį jai davė Azazello, tampa nematoma ir išlipa pro langą. Skrisdama pro rašytojo namus, Margarita surengė maršrutą Latunskio kritiko, kuris, jos manymu, nužudė šeimininką, bute. Tada Margarita susitinka su Azazello ir veda ją į butą Nr. 50, kur ji susitinka su Wolandu ir likusia jo palikimo dalimi. Wolandas prašo Margaritos būti karaliene prie savo kamuolio. Mainais jis pažada įvykdyti jos norą.
Vidurnaktį prasideda pavasario pilnaties kamuolys - didysis rutulys prie šėtono, į kurį sukčiai, mirties bausmės vykdytojai, apgavikai, žudikai - visų laikų ir tautų nusikaltėliai; vyrai yra uodegose, moterys - plika. Kelias valandas nuoga Margarita sveikino svečius, bučiuodama ranką ir kelį. Galiausiai kamuolys baigiasi ir Wolandas paklausia Margaritos, ko ji nori kaip atlygį už tai, kad yra kamuolio šeimininkė. Ir Margarita prašo nedelsdama grąžinti šeimininkei pas ją. Tuomet meistras pasirodo ligoninės rūbinėje, o Margarita, pasitarusi su juo, prašo Wolandą grąžinti juos į mažą namą Arbato mieste, kur jie buvo laimingi.
Tuo tarpu Maskvos įstaiga pradeda domėtis keistais įvykiais, vykstančiais mieste, ir visi jie susideda iš logiškai aiškios visumos: paslaptingojo užsieniečio Ivano Bezdomny, juodosios magijos sesijos „Variety“, Nikanoro Ivanovičiaus dolerių ir Rimskio bei Likhodejevo dingimo. Tapo aišku, kad visa tai yra tos pačios gaujos, kuriai vadovauja paslaptingas magas, darbas, o visi šios gaujos pėdsakai veda į butą Nr. 50.
Dabar atsigręžiame į antrąją romano siužetą. Erodo Didžiojo rūmuose Judėjos prokuroras Poncijus Pilotas tardo areštuotą Ješua Ga-Nozrį, kurį Sanhedrinas nuteisė už Cezario valdžios įžeidimą, ir šis nuosprendis siunčiamas patvirtinti Pilotui. Tardydamas areštuotą, Pilotas supranta, kad priešais jį yra ne plėšikas, kurstytas žmonių nepaklusnumas, o klajojantis filosofas, skelbiantis tiesos ir teisingumo karalystę. Tačiau Romos prokuroras negali paleisti vyro, kuris kaltinamas nusikaltimu prieš Cezarį, ir patvirtina mirties bausmę. Tada jis kreipiasi į vyriausiąjį žydų Kaifą kunigą, kuris artėjančių Velykų atostogų garbei gali paleisti vieną iš keturių nuteistų mirties bausmės; Pilotas prašo, kad tai būtų Ga-Nozri. Tačiau Kaifa jo atsisako ir paleidžia plėšiką Var-Ravvaną. „Lysaya Gora“ viršuje yra trys kryžiai, ant kurių nuteistieji yra nukryžiuoti. Po minios žmonių, lydinčių procesiją į egzekucijos vietą, grįžo į miestą, ant Pliko kalno liko tik Yeshua studentas Levi Matvey, buvęs mokesčių surinkėjas. Vykdytojas muša kankinamus nuteistuosius, ir staigus lietus nukrenta ant kalno.
Prokuroras iškviečia savo slaptosios tarnybos vadovą Afraniya ir nurodo nužudyti Judą iš Kiriato, kuris gavo pinigus iš Sanhedrin už tai, kad leido suimti Yeshua Ga-Nozri savo namuose. Netrukus jauna moteris, vardu Niza, tariamai atsitiktinai pasitinka Judą mieste ir pasitinka pasimatymą iš miesto Getsemanės sode, kur jį užpuola nežinomi žmonės, muša jį peiliu ir pašalino piniginę su pinigais. Po kurio laiko Afranijus pranešė Pilotui, kad Judas buvo nugriautas ir į vyriausiojo kunigo namus buvo įmestas maišas pinigų - trisdešimt tetradrachmų.
Levi Matvey atveža pas Pilotą, kuris rodo prokurorui pergamentą su „Ga-Nozri“ pamokslais. „Pats rimčiausias ydas yra bailumas“, - rašoma prokurorės pranešime.
Bet atgal į Maskvą. Saulėlydžio metu vieno iš Maskvos pastatų terasoje jie atsisveikina su Wolando miestu ir jo atminimu. Staiga pasirodo Levi Matvey, kuris siūlo Wolandui pasiimti meistrą pas save ir apdovanoti jį ramybe. „Ir kodėl gi tu neatitrauki jo į savo šviesą?“ - klausia Wolandas. „Jis nenusipelnė šviesos, jis nusipelnė ramybės“, - atsako Levi Matvey. Po kurio laiko Azazello ateina į namus pas Margaritą ir meistrą ir atneša vyno butelį - Dolando dovaną. Išgėrę vyno, meistras ir Margarita krenta be jausmų; tuo pačiu metu prasideda neramumai liūdesio namuose: pacientas mirė nuo 118 kambario; ir tą pačią akimirką daugiabutyje Arbato jauna moteris staiga pasidaro blyški, glosto širdį ir krenta ant grindų.
Stebuklingi juodi žirgai nuneša Wolandą, jo palikimą, Margaritą ir Mokytoją. „Jūsų romanas buvo perskaitytas, - pasakoja Wolandas meistrui, - ir aš norėčiau parodyti jums savo herojų“. Maždaug du tūkstančius metų jis sėdi šioje svetainėje ir sapne mato mėnulio kelią ir nori eiti tuo keliu bei kalbėtis su klajojančiu filosofu. Dabar romaną galite baigti viena fraze. “ "Laisvas!" Jis jūsų laukia! “ - šaukia meistras, o virš juodosios bedugnės užsidega didžiulis miestas su sodu, į kurį driekiasi mėnulio kelias, ir prokuratorius greitai bėga tuo keliu.
"Atsisveikink!" - rėkia Wolandas; Margarita ir meistras eina per tiltą per upelį, o Margarita sako: „Čia yra tavo amžini namai, tie, kuriuos myli, ateis pas tave vakare, o naktį aš saugosiu tavo miegą“.
O Maskvoje po to, kai Wolandas ją paliko, tyrimas baudžiamosios gaujos byloje tęsiasi ilgą laiką, tačiau priemonės, kurių buvo imtasi ją sučiupti, neduoda rezultatų. Patyrę psichiatrai daro išvadą, kad gaujos nariai buvo neregėto stiprumo hipnotizuotojai. Praėjus keleriems metams, tų gegužės dienų įvykiai pradedami pamiršti, ir tik profesorius Ivanas Nikolajevičius Ponyrevas, buvęs poetas Benamis, kiekvienais metais pasirodo tik pavasario šventinis mėnulio pilnatis, pasirodo Patriarcho tvenkiniuose ir sėdi ant to paties suolo, kur pirmą kartą sutiko Wolandą, ir tada, pasivaikščiojęs po Arbatą, grįžta namo ir mato tą patį sapną, kuriame pas jį ateina ir Margarita, ir šeimininkas, ir Yeshua Ga-Nozri, ir žiaurus penktasis Judėjos prokuroras, raitelis Poncijus Pilotas.
