Ivano Petrovič Shuisky namuose, esant daugybei dvasininkų ir kai kurių berniukų, jie nusprendžia atskirti Fiodoru Ioannovičių su carove, Godunovos seserimi, kurios dėka Borisas yra laikomas visais. Jie sudaro popierių, kuriame, prisimindami karalienės nevaisingumą ir Demetrijaus kūdikystę, prašo karaliaus sudaryti naują santuoką. Golovinas užsimena apie Shuiskį apie galimybę iškelti Demetrijų vietoj Fiodoro, tačiau sulaukia griežto priekaištų. Princesė Mstislavskaja veža svečius, geria Fedoro sveikatą. Mstislavskajos jaunikis Shakhovsky, piršlys Volokhovas vadina slapto susitikimo vietą. Ivanas Petrovičius siunčia metropolitui peticiją, apgailestaudamas, kad reikia sunaikinti karalienę. Jo viršininkas Fedyukas Starkovas praneša apie tai, ką matė Godunovas. Iš Uglicho gavęs informacijos apie Golovino santykius su Nagimi ir pamatęs grėsmę jo galiai, jis savo šalininkams Lup-Kleshnin ir Prince Turenin paskelbia apie sprendimą susitaikyti su Shuisky. Atvyksta Fiodoras, skundžiamasi parklupdytu arkliu. Pasirodo karalienė Irina, kurią Fiodoras klaidingai praneša apie grožį Mstislavskają, kurį matė bažnyčioje, ir iš karto patikina karalienę, kad ji už jį gražesnė nei visi kiti. Godunovas kalba apie norą susitaikyti su Šuiskiais, ir caras mielai imasi šio klausimo.

Fiodoras paskelbia apie savo ketinimą suderinti Godunovą su Šuiskiu ir prašo Metropolito Dionizo bei kitų dvasininkų pagalbos. Dionizas kaltina Godunovą priespaudoje bažnyčiai, švelniai eretikams ir atnaujinus mokesčių rinkimą, nuo kurio bažnyčia buvo išlaisvinta. Godunovas įteikia jam apsauginius laiškus ir ataskaitas apie vykdomą erezijos persekiojimą. Karalius prašo palaikymo iš Irinos ir bojarų. Lydimas populiaraus entuziazmo, atvyksta Ivanas Petrovičius Shuisky. Fiodoras priekaištauja, kad nesilankė Dūmoje, Shuiskį atgraso negalėjimas pritarti Godunovui. Fiodoras, prisimindamas Šventąjį Raštą ir kviesdamas dvasininkus liudytojais, kalba apie susitaikymo naudą, o jam paklusnus Godunovas siūlo Shuisky sutikimą. Šuiskis priekaištauja jam, kad nenori dalytis valstybine administracija, kurią Jonas paveldėjo penkiems bajarams: Zacharinui (mirusiam), Mstislavskiui (smarkiai tonizuotas), Belskiui (ištremtas), Godunovui ir Šuiskiui. Godunovas, teisindamas save, kalba apie Šuiskio aroganciją, kad jis panaudojo vienintelę galią Rusijos naudai, ką taip pat įrodo; jis priduria, kad sunki užduotis sutvarkyti nusivylusią valstybę buvo tik Shuysky. Kai Ivanas Petrovičius vadina savo rėmėją metropolitu, jis praneša apie Godunovo veiksmus bažnyčios labui ir įtikina Šuiskį taikos link. Parodydama savo išsiuvinėtą Pskovo šventovės dangtį, Irina prisipažįsta, kad tai yra jos maldos įžadas už Šuiskių išgelbėjimą, kurį kadaise lietuviai apgulė Pskove. Susijaudinęs Šuiskis yra pasirengęs pamiršti seną priešiškumą, tačiau reikalauja iš Godunovo saugumo garantijų savo bendraminčiams. Godunovas prisiekia ir pabučiuoja kryžių. Jie kviečia išrinktus iš minios, kurią sukvietė Šuiskis. Fiodoras kalba su senu žmogumi ir nežino, kaip jį sustabdyti, sūnėnuose atpažįsta pirklį Krasilnikovą, kuris jį pastaruoju metu linksmino su lokio kova, prisimena savo brolį Golubą, kuris nugalėjo Šakovskį fisticuffuose - Godunovas ir Šuiskis ne iš karto sugebėjo grąžinti carą tam, kuris buvo išrinktas. . Shuisky skelbia susitaikymą su Godunovu, pirkliai jaudinasi („Tu susitaikai su mūsų galvomis“), Shuisky susierzina dėl nepasitikėjimo tuo, kuris ką tik prisiekė ant kryžiaus. Prekeiviai prašo apsaugos nuo karaliaus Godunovo, bet jis juos siunčia pas Borisą. Borisas tyliai liepia užsirašyti pirklių pavardes.

Naktį Šuiskių princesės Mstislavskajos ir Vasilisa Volokhova sode laukia Šakovskio. Jis ateina, kalba apie meilę, apie nekantrumą, su kuriuo laukia vestuvės, juokiasi iš jos ir juokauja. Krasilnikovas bėga, leidžiasi, Šahovskis slepiasi, šaukia Ivaną Petrovičių ir praneša, kad visi, kurie buvo su caru, buvo sugauti Godunovo įsakymu. Sukrėstas Šuiskis liepia Maskvai pakilti į Godunovą. Jis užsiminė apie Dimitrio Golovino staigų nulaužimą ir, sakydamas, kad Borisas apgavo save apgaule, nuėjo pas carą. Tuo tarpu likę berniukai aptaria peticiją, ieškodami naujos karalienės. Vasilijus Šuiskis vadina princesę Mstislavskają. Jos brolis ne iš karto apsisprendė, norėdamas rasti bent priežastį ginčui su Šakovskiu. Kol jis dvejoja, Golovinas į peticiją įrašo princesės vardą. Pasirodo Šachovskaja, pareikšdama, kad neatsisakys nuotakos. Taip pat randama princesė ir Volokhova. Bendru šauksmu, abipusiais grasinimais ir priekaištais Shakhovskaya griebia laišką ir bėga. Godunovas pateikia caro valstybės dokumentus, kurių turinio jis nenagrinėja, tačiau sutinka su Boriso sprendimais. Tsarina Irina kalba apie „Dowager Queen“ Uglich laišką su prašymu grįžti su Dimitri į Maskvą. Fiodoras patikėjo bylą Borisui, tačiau Irina pareikalavo iš jo „šeimos reikalo“ sprendimo; Fiodoras ginčijasi su Borisu ir jį erzina jo atkaklumas. Šuiskis ateina, skundžiasi Godunovu. Jis neatrakina, aiškindamas, kad pirkliai buvo imami ne už praeitį, o už tai, kad bandė nuliūdinti pasaulį tarp jo ir Šuiskio. Caras yra pasirengęs atleisti Godunovui, manydamas, kad jie tiesiog nesuprato vienas kito, tačiau negailestingas reikalavimas palikti princą Uglichą carą galutinai supykdo. Godunovas sako, kad pasiduoda Šuiskiams, Fiodoras prašo jį pasilikti. Caro elgesio sužeistas Šuiskis palieka. Kleshninas atneša iš Uglicho išsiųstą Golovino Nagimio laišką, Godunovas jį parodo carui, reikalaudamas Shuiskį suimti ir, galbūt, įvykdyti. Nesėkmės atveju jis grasina išvykti. Po ilgų dvejonių sukrėstas Fiodoras atsisako Godunovo paslaugų.

Ivanas Petrovičius Šuiskis paguodžia princesę Mstislavskają: jis neleis jai tuoktis su caru ir tikisi, kad Šahovskaja jų neinformuos. Nusiųsdamas ją į princesę, jis priima bojarus ir pabėgėlius Krasilnikovą ir balandį ir, darant prielaidą, kad pašalintas nuskurdęs Fiodoras ir įamžintas Demetrijus, nustato kiekvieno užduotis. Namuose sėdėjęs ateivis Godunovas klausia Kleshnino apie Volokhovą ir daug kartų kartoja „kad ji paleistų princą“. Kleshninas siunčia Volokhovą naujai motinai UGLICH, liepia ją apsaugoti ir užsimena, kad jei princas, kenčiantis nuo padėklo, nužudys save, jie jos neprašys. Tuo tarpu Fiodoras negali išsiaiškinti jam pateiktų dokumentų. Atvyksta Kleshninas ir praneša, kad Borisas susirgo nusivylimu, o Shuisky turi būti nedelsiant įkalintas už ketinimą iškelti Demetrijų į sostą. Fiodoras netiki. Įeina Shuisky, kuriam Fiodoras kalba apie denonsavimą ir prašo jį pateisinti. Princas atsisako, karalius atkakliai reikalauja, Kleshninas stumia. Shuisky prisipažįsta sukilęs. Fiodoras, išsigandęs, kad Godunovas nubaus Šuiskį už išdavystę, pareiškia, kad pats įsakė pastatyti princą soste, ir išstumia šokiruotą Šuiskį iš kambario. Šakovskaja sprogo į karališkuosius rūmus ir prašo grąžinti jam nuotaką. Fiodoras, pamatęs Ivano Petrovič Shuisky parašą, verkia ir neklauso Irinos argumentų apie popieriaus absurdiškumą. Apsaugodamas Iriną nuo įžeidimų, jis pasirašo Borisovo įsakymą, baugindamas tiek ją, tiek Šachovskį. Ant tilto per upę senukas riaumoja žmones už Šuiskį, husarai gieda apie savo valią. Pasiuntinys važiuoja su žinia apie totorių pažangą. Princas Tureninas su lankininkais veda Šuiskį į kalėjimą. Žmonės, atstumti seno žmogaus, nori išlaisvinti Šuiskį, tačiau jis kalba apie savo kaltę prieš „šventąjį“ karalių ir kad jie nusipelno bausmės.

Kleshninas praneša Godunovui, kad šuiskiai ir jų šalininkai yra įkalinti, ir pristato Vasilijų Ivanovičių Šuiskį. Jis pasvarsto, tarsi būtų pradėjęs peticiją dėl Godunovo. Suprasdamas, kad Šuiskis yra jo rankose, Godunovas jį paleidžia. Tsarina Irina atvyksta tardyti pas Ivaną Petrovičių. Godunovas, supratęs, kad Shuisky nenustos ginčytis su juo, yra nepriekaištingas. Aikštėje priešais katedrą elgetos kalba apie metropolito, kuris prieštarauja Godunovui, pasikeitimą apie pirklių, kurie stovėjo už Šuiskių, egzekuciją. Carinė Irina veda Mstislavskają prašyti Šuiskio. Fiodoras išeina iš katedros, įteikęs caro Ivano reikmenis. Princesė skuba prie kojų. Fiodoras siunčia princą Tureniną už Shuisky. Tačiau Tureninas praneša, kad Šuiskis naktį pasmaugė save, kaltina, kad nepastebi (nes jis mušė minią, kurią į kalėjimą atvežė Šahovskis, ir mušė tik šaudydamas Šakovskį). Fiodoras skuba prie Turenino, kaltindamas jį nužudžius Šuiskį, ir grasina jam mirties bausme. Pasiuntinys atneša Uglicho laišką apie princo mirtį. Sukrėstas karalius nori pats sužinoti tiesą. Ateina žinia apie Hano požiūrį ir ankstyvą Maskvos apgultį. Godunovas siūlo atsiųsti Kleshniną ir Vasilijų Šuiskius, o Fiodoras įsitikinęs Godunovo nekaltumu. Princesė Mstislavskaja sako ketinanti susitvarkyti plaukus. Fiodoras, savo žmonos patarimu, perkels visą valdžios naštą Borisui ir, prisiminęs savo ketinimą „dėl visko susitarti, viską išlyginti“, apraudoja savo likimą ir karališkąją pareigą.