Šioje knygoje Thoreau aprašo savo paties gyvenimą, laikotarpį, kai jis dvejus metus gyveno vienas Waldeno tvenkinio krantuose Concord mieste, Masačusetso valstijoje, taip pat dalijasi mintimis apie gyvenimo prasmę ir apie racionaliausią būdą derinti dvasinę veiklą su užtikrinant būtinas materialines gyvenimo sąlygas.
Trobelė, kurią jis pastatė savo rankomis, stovi miške mylios atstumu nuo bet kurio būsto. Maistą jis uždirba tik dirbdamas rankomis. Jis naudojasi būtiniausiais reikmenimis, įskaitant maistą, pastogę ir drabužius. Anot Thoreau, šiuolaikinis žmogus peržengia savo poreikių ribas, priversdamas save skirti laiko ir pastangų, kad užsidirbtų pinigų ir iš to įsigytų tai, kas, jei jis būtų tai padaręs pats, būtų kainavęs daug mažiau ir pareikalavęs mažiau pastangų. Kiekvienas gali gauti maisto, dirbdamas nedideliame plote vien tik sau, savo rankomis pastatyti namą, kaip tai darė Toro, dėvėti paprastus, naminius drabužius. Tuomet žmogus galėtų nustoti būti civilizacijos vergas ir savas, būtų gavęs daugiau laisvo laiko dvasiškai tobulėti. Visuomenė atitraukia jį nuo rimtų minčių. Be to, pasak Thoreau, žmonės per dažnai bendrauja tarpusavyje ir neturi laiko įgyti naujų vienas kitam vertybių. Tačiau su visa savo meilės vienatve Toro nėra atsiskyrėlis. Kartais pas jį ateina iki trisdešimt žmonių. Tiesa, pats išsamiausias ir įdomiausias bendravimas vyksta su nedidele minia žmonių. Jei svečias ateina vienas, jis su šeimininku dalijasi kukliu maistu, jei svečių yra daugiau, tada viskas apsiriboja dvasiniu maistu, tai yra, pokalbiais. Kol jis gyvena miške, pas jį ateina daugiau žmonių nei bet kuriuo kitu jo gyvenimo metu; jam tai yra puiki proga juos stebėti.
Vairuotojai dažnai jį randa dirbdami ant žemės, ypač augindami pupeles. Dirbdamas be žirgo, jaučio ir ūkio darbininkų, jis sugeba su jais susidraugauti, jie pririša jį prie žemės, iš jų semiasi jėgų. Jis nesikreipia pagalbos į žemės ūkio išmokas, nes pasėlio tūris jam nesvarbus. Kartu su pupelėmis jis „sodina“ dvasinių vertybių sėkmę: nuoširdumą, tiesą, paprastumą, tikėjimą, nekaltumą. Tai jam yra svarbiau. Žemės ūkį jis paverčia tikrai šventa okupacija, kokia ji buvo kadaise, ir yra pasirengęs paaukoti ne tik pirmuosius, bet ir paskutinius materialinius savo paskirstymo vaisius.
Po darbo jis eina į artimiausią kaimą naujienų bent kartą per dvi dienas. Ten, aplankęs keletą pažįstamų, išklausęs naujienų, jis grįžta namo naktį ir tuo pačiu niekada nesuklysta. Nors pasiklysti miške, jo manymu, yra nepamirštama ir pamokanti sensacija. Kol žmogus nenuklysta nuo kelio, jis nesuvokia viso „didingumo ir neįprastos prigimties“. Išėjęs iš namų, jis niekada neužrakina durų. Tačiau jis niekada nebuvo apiplėštas. Jis įsitikinęs, kad jei visi gyventų taip paprastai, kaip jis gyveno, plėšimai nebus žinomi, nes jie įvyksta ten, kur vieni turi perteklių, o kiti neturi to, ko reikia.
Per keletą mylių nuo jo trobelės, be Waldeno, yra dar keli tvenkiniai. Jis apibūdina jų gyvenimą kaip gyvų būtybių gyvenimą. Pakrantės medžiai jam atrodo kaip blakstienos, pūkuotos ežero akys, uolos yra antakiai, krantai yra lūpos, kurias tvenkinys laižo. Užuot ėjęs pas pažintus žmones, jis, kaip ir draugai, aplanko tuos retus medžius tose vietose - juodus beržus, bukus ar kai kurias ypač aukštas pušis. Kartą per ilgą pasivaikščiojimą jis įeina į labai neturtingo airio, turinčio daug vaikų, namus, pataria sekti savo pavyzdžiu, atsisakyti darbo savininko labui, gyventi nerūpestingą gyvenimą ir leistis į nuotykius. Tada, pasak Thoreau, airis sugebės susitvarkyti su savo poreikiu.
Kartais, be dvasinio gyvenimo siekimo, jame prabunda laukiniai pradai, jis eina žvejoti, medžioti. Tačiau jei žmogus savyje neša dvasingumo sėklas, tai užaugęs, jis atsisako tokios veiklos. Būtent tai „Toro“ daro laikui bėgant ir beveik visiškai atsisako gyvūninio maisto. Jam atrodo, kad joje yra kažkas nepaprastai nešvaraus. Tai trukdo išsaugoti dvasinę jėgą ir poetinius jausmus. Jei to visiškai atsisakysite, žinoma, gali įvykti tam tikras fizinis kūno susilpnėjimas, tačiau neturėtumėte dėl to gailėtis, nes toks gyvenimas sutinkamas „vadovaujantis aukščiausiais principais“. Jis negeria vyno, o tik švarų vandenį iš tvenkinio, nes nori visada būti blaivus. Jei prisigėrėte, tai yra tik oras, sako Thoreau. Šalia jo gyvena daugybė gyvūnų: visiškai sutramdyta laukinė pelė, kuri valgo iš delno, košra su jos jaunikliais, kurios ramios ir išmintingos Toro akys atrodo tokios senoviškos kaip pats dangus, kuris jose atsispindi. Jis yra kovos tarp raudonos ir juodos skruzdėlių liudininkas ir tuo pat metu jaučia tą patį jaudulį, tarsi žmonės būtų priešais jį. Prie tvenkinio jis stebi plėšiką, kuris, bandydamas jį pralenkti, visą dieną neria į tvenkinį.
Arčiau žiemos, Toro savo namuose kloja židinį. Židinio ugnis taip pat tampa jo draugu. Žvelgdamas į ugnį vakarais, jis valo savo mintis ir sielą nuo nešvarumų, susikaupusių per dieną. Žiemą į jo trobelę klaidžioja nedaug žmonių. Tačiau yra puiki galimybė stebėti gyvūnus. Netoli savo namų jis išsibarsto nesubrendę kukurūzų košės, bulvių žievelės, o paskui su susidomėjimu seka triušių, voverių, jazdelių ir papų, kuriuos traukia delikatesas, įpročius. Kai žvirblis atsisėda ant peties, jis tai suvokia kaip skirtumą, „didesnį už bet kuriuos epaletus“.
Žiemą tvenkinys užmiega ir yra padengtas mėlyno ledo sluoksniu. Ryte žmonės ateina pas jį gaudyti ešerių ir lydekų. Kaimo gyventojai ir net ištisos ledo ašys vasarą yra apsirūpinę ledu.
Manoma, kad Waldeno tvenkinio žmonės neturi dugno. 1846 m. Pradžioje ginkluotas kompasu, grandine ir partija Toro randa dugną ir matuoja tvenkinio gylį.
Kovo pabaigoje – balandžio pradžioje tvenkinys atsidaro. Ryte ir vėlyvą popietę veikiant saulės spinduliams, ji dunksteli, o paskui atrodo, kad ištempia ir apkabina pabudusį vyrą. Toro visa Žemė yra gyva būtybė. Grįžtant iš pietų, pavasarį virš tvenkinio skraido žąsys, antys, balandžiai, kregždės, atsiranda varlės ir vėžliai. Žolė pradeda žalėti. Pavasario rytas atneša visas nuodėmes ir ragina dvasiškai atgimti. Thoreau mano, kad žmonės turėtų gyventi santarvėje su gamta, klausytis jos įsakymų. Stagnacija ateis į miestų gyvenimą, jei laukinė gamta su jais negyvens, nes jiems tai yra gyvybingumo šaltinis. Žmogus nori žinoti viską tuo pačiu metu, o gamtos paslaptį palikti neišspręstą. Jis turi žinoti, kad yra jėgų, pranašesnių už jo paties.
Taip baigiasi pirmieji Toro gyvenimo miškai metai. Antri metai labai panašūs į jį, o autorius jo neapibūdina. 1847 m. Rugsėjo 6 d. Thoreau galutinai paliko Waldeną.
Jis palieka mišką dėl tų pačių svarbių priežasčių, dėl kurių apsigyveno. Jam atrodo, kad jis turėtų gyventi dar keletą gyvenimų, o ne eiti jau sumuštu keliu. Jei žmogus drąsiai eina į savo svajonę, tada jis tikisi sėkmės, kuriai kasdienis gyvenimas nėra suteikiamas. Tokiu atveju jo gyvenimas pradeda paklusti aukštesniems įstatymams, ir jis įgyja aukščiausią laisvę. Kuo labiau jis supaprastina savo gyvenimą, tuo paprastesni jam atrodo pasaulio įstatymai; jam nebetenka vienatvės, skurdo, silpnumo. Nereikia net suprasti kitų, nes jų masiniame gyvenime viešpatauja kvailumas ir konvencijos. Kiekvienas turėtų stengtis padaryti savo dalyką, tapti tuo, kuo gimė. Jei šiuolaikinis žmonija ir šiuolaikinis žmogus gali atrodyti kaip pigmečiai, palyginti su senovės tautomis, tada, pasak Thoreau, reikia stengtis tapti „didžiausiu iš pigmetų“, išstudijuoti savo sielą ir ją patobulinti.